管理發展中心設置五組營運績效組、醫務行政組、資訊發展組、聯合採購組,以及國際醫療中心;管理發展中心使命為推動北醫醫療體系發展、開發及統合資源,以提高附屬醫院之管理功能與經營績效;設有九大機能小組(如:企劃、醫事、財會、人力等),負責各項業務規劃發展及推動。
           臺北醫學大學醫療體系在近幾年已發展為一校七附屬醫院的規模,屬於中大型的企業體能量。在董事會及校長的擘畫之下,未來會更加快加大的成長。管發中心的任務是,如何協助北醫大的醫療機構更有效率、更清楚目標方向、也更展現出屬於北醫的文化,才能有別於有政府支持的公家醫療機構、及有財團支援的私立醫療機構。管發中心和北醫所屬醫療機構一起,正在走出屬於北醫大自己的路,走新的路才能到達新的目標!